Autrefois les caves des frères Dominicains, celles-ci ont été transformées dans les années 1990 pour devenir une salle de concert notamment pour le jazz et la musique du monde.

Tout près de l'église, dans l'aile orientale, était installée une sacristie voûtée, transformée après 1836 en chapelle protestante. Aujourd'hui elle peut servir d'antichambre aux concerts ou de salle d'exposition.

La salle capitulaire, lieu de réunion de la communauté, a également été transformée à la même époque que la sacristie : une partie est devenue chapelle catholique, avec une fausse voûte à clef retombante et un décor néogothique.

La nef était destinée à abriter les fidèles venus entendre la parole divine commentée par les frères prêcheurs. Les sondages archéologiques de 1988 montrent qu'elle fut commencée avant même le chœur. D'un style très simple, elle est divisée en trois vaisseaux couverts par un plafond de bois. Comme la prédication orale risquait de paraître abstraite, les Dominicains avaient compris l'intérêt de l'illustration par l'image. La nef de Guebwiller possède ainsi le plus bel ensemble de peintures murales conservées dans la vallée du Rhin supérieur. Ce vaste programme iconographique a été réalisé en plusieurs étapes, du deuxième quart du XIVe siècle à la fin du XVe siècle. Dans certains secteurs, on trouve une superposition de ces phases, ce qui prouve que le décor s'est adapté aux changements dans la vie religieuse.L'ensemble est conforme à l'esprit dominicain, avec l'insistance sur le thème de la Crucifixion et des martyres de saints. Les frères prêcheurs du Moyen Age insistaient volontiers sur l'exemplarité de la mort et des actions du Christ, imité par les saints, notamment les martyrs. On découvrira aussi des représentations de saints dominicains (Dominique, Catherine de Sienne) ainsi que des scènes d'actions charitables (Martin, Nicolas). Les saints régionaux ne sont pas oubliés, ceux de la vallée du Rhin supérieur (Wolfgang, Ursule, Odile), comme ceux liés à l'abbaye de Murbach (Pirmin). Les fidèles avaient ainsi sous les yeux une véritable encyclopédie illustrée de la théologie médiévale. Parmi les peintures médiévales les plus tardives, on peut signaler la représentation de sainte Catherine de Sienne, dans la niche du côté nord de la nef où était installé l'autel qui lui était consacré (fin XVe siècle). L'ensemble présente une grande parenté avec les autres églises dominicaines de la région, notamment celle des Dominicains de Colmar ou des Franciscains de Rouffach. Quant aux remplages des grandes baies du chœur, ils sont d'un modèle couramment utilisé par les tailleurs de pierre de l'époque.
Aujourd'hui la nef a été transformée en l'une des plus belles salles de concert du Rhin Supérieur. Son acoustique incomparable attire de nombreuses maisons de disque.

Le choeur, clos à l'est par un chevet à cinq pans, servait à abriter les offices de la communauté. L'absence de tout décor sculpté traduit bien l'idéal de pauvreté cher aux dominicains. Une des clefs de voûte est ornée du blason de Conrad Werner Murnhart, abbé de Murbach de 1334 à 1343, bienfaiteur de la communauté. Elle donne ainsi un précieux élément de datation pour l'achèvement des travaux de cette partie de l'église. Au nord, un chœur latéral servait de chapelle au prieur : il abrite aujourd'hui l'escalier menant à l'étage supérieur de choeur. Les vitraux anciens, offerts en 1438 par de nobles familles de la région, ont malheureusement disparu. Aujourd'hui cette salle est propice à de nombreux concerts avec une acoustique plus réverbérante que celle de la nef qui lui communique directement par l'Arc triomphal.

Le cloître dessine un carré d'une vingtaine de mètres de côté. Il a toujours été couvert d'un plafond charpenté ; ses baies ogivales n'ont probablement jamais reçu le remplage gothique prévu. En revanche, elles ont dû être très tôt fermées par des fenêtres dont on voit encore les traces des scellements. Comme tous les autres cloîtres, celui de Guebwiller servit de sépulture pour des religieux ou des bienfaiteurs du couvent. Il ne reste plus aucune trace de leurs monuments funéraires ; seule subsiste une petite dalle commémorant le souvenir de Peter Mor (mort en 1466), retrouvée en 1862. Le cloître était à la fois espace de processions liturgiques et lieu de passage pour desservir les diverses parties du couvent. Il est aujourd'hui le cadre de nombreux concerts ou de magicologies à la belle saison avec une belle acoustique naturelle.

Ce sas contemporain relie l'ancien couvent classé du XIVème siècle (non classé) au bâtiment du 18ème siècle qui abrite l'administration des Dominicains de Haute-Alsace. C'est par ce sas que le public accède à la billetterie et aux différentes salles de concert.

Autrefois faisant partie de la salle capitulaire, le studio abrite aujourd'hui les activités du compositeur en résidence qui peut ainsi travailler en communion avec le cloitre.