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Les clefs et les ornements du couvent sont confiés au curé de Guebwiller, mais les déprédations commises dans le couvent désaffecté entraînent la vente du patrimoine mobilier, du moins des éléments qui n'ont pas été mis à l'abri par des fidèles qui les restitueront à la suite de la Révolution. Un certain nombre de sculptures du Musée du Florival de Guebwiller (en savoir plus) doivent ainsi provenir du couvent des Dominicains.
L'orgue Silbermann est acquis par l'église mixte de Wasselonne où il est installé en 1792 par le facteur Nicolas Toussaint.
L'église dominicaine et le couvent sont vendus aux enchères cette même et acquis par le Colmarien Jean-Ulrich Metzger. L'industriel Dollfus y loge un temps les ouvriers qu'il emploie dans sa manufacture de toiles peinte installée dans le château de la Neuenbourg. Lors de l'occupation austro-russe de 1814, le couvent sert de casernement, l'église abritant momentanément une écurie. Puis la firme Ziegler-Greuter y installe en 1826 une teinturerie : l'église est alors transformée en salle de séchage des tissus, chauffée par une installation implantée dans le cloître.
Racheté ensuite par Jean-Jacques Bourcart, grand patron du textile guebwillerois, le couvent est confié à la femme de ce dernier, Climène Bourcart qui en fait don à la ville en 1836. Les bâtiments conventuels sont alors transformés en hôpital, en 1837-1838. Cette nouvelle affectation n'entraînera pas de bouleversements graves dans la structure architecturale, à part des déplacements de cloisons intérieures. C'est à cette époque que sont installées les chapelles protestante et catholique dans l'aile orientale du cloître. La chapelle protestante est ornée de peintures réalisées en 1850 par Émile Bourcart. La petite chapelle catholique reçoit un autel néogothique flamboyant remarquable.
La nef de l'église devient halle de marché : les anciens Guebwillerois se souviennent de l'animation qui y régnait tous les vendredis matin jusqu'en 1960.
Grand amateur de musique, Jean-Jacques Bourcart transforme le chour en salle de spectacle ; un mur le sépare de la nef et un plancher le sépare en deux niveaux. La salle inférieure servira de lieu de répétition et la partie supérieure accueillera les concerts. L'accès se fait par un large escalier aménagé dans la chapelle latérale.
La vocation musicale du lieu, dans la continuité des offices dominicains, est donc une tradition déjà ancienne. La Société de Musique de Guebwiller, qui fonctionne grâce au mécénat des industriels, fait appel à des interprètes prestigieux, notamment Clara Schumann à quatre reprises.
Au XXe siècle sont entrepris des travaux de restauration, notamment entre 1929 et 1931 la reprise en sous-ouvre des piliers de la nef de l'église. En 1941-1942, l'administration allemande des monuments historiques dégage et restaure les peintures du jubé. Hermann Velte en réalise à cette occasion des relevés. En 1948, l'étage du chour abrite, jusqu'en 1983, le Musée du Florival. Quant à l'hôpital, il occupera l'ancien couvent jusqu'à son déménagement dans les nouveaux locaux, commencés en 1983. Cette vocation d'accueil, d'abord religieuse, puis hospitalière, sera ensuite culturelle, quand le département du Haut-Rhin va acquérir l'ensemble pour le transformer en centre dédié à la musique.
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