DE LA RECONSTRUCTION AU DEPART DES DOMINICAINS EN 1791
Les années 1660-1670 sont encore difficiles : les couvents de Guebwiller doivent supporter de fréquents cantonnements de soldats. La situation s'améliore avec l'annexion des terres de Murbach par le roi de France, en août 1680.
Dès les années 1680, les religieux restaurent leur couvent, avec des moyens matériels qui s'accroissent à mesure que la Haute-Alsace se repeuple grâce à des immigrants principalement suisses. La Chronique des Dominicains relate une bonne partie des travaux de rénovation : réaménagement des bâtiments, installation de nouveaux mobiliers, achat et réalisation de peintures, etc. Le peintre François Hillweg de Thann réalise ainsi plusieurs autels. En 1709 il livre les dix grands tableaux aujourd'hui installés dans la chapelle Notre-Dame du Særing de Guebwiller. Ces tableaux furent financés par les religieux eux-mêmes, sur leurs revenus personnels. En 1711, Hillweg peint également de nouveaux décors dans la nef et le chour (une partie a été retrouvée et dégagée en 2001). On lui doit la représentation de l'Annonciation, exécutée au-dessus du jubé et restée inconnue jusque récemment. C'est à cette occasion que les peintures médiévales sont recouvertes d'un badigeon blanc et ainsi préservées. En 1714, il peint un Saint-Sépulcre maintenant disparu.
Les revenus ordinaires du couvent sont largement insuffisants pour financer tous ces chantiers. Heureusement, les pères peuvent compter sur l'aide financière des bienfaiteurs, notamment de l'abbé de Murbach, toujours protecteur de la communauté. A la fin des années 1720, les religieux résident dans des bâtiments remis en état, au goût du jour, mais sans vraiment transformer les structures médiévales. En 1732 est élevé un bâtiment annexe, au nord du couvent ; on peut encore voir ce millésime avec les lettres C G sur le passage d'entrée.
En juin 1744, les pères commandent au meilleur facteur d'orgue alsacien, Jean-Antoine Silbermann, un nouvel orgue, installé en 1745 sur le jubé. Le même facteur livrera en 1771 un nouvel orgue aux Dominicaines d'Engelpforten. Ces travaux de rénovation se retrouvent dans les autres couvents alsaciens (Colmar, Haguenau, Sélestat).
Il semble que la communauté connaisse un véritable apogée vers 1690, avec 27 religieux, pères et frères lais. Ensuite, à la différence des autres couvents alsaciens, celui de Guebwiller va connaître un déclin puis une stagnation de ses effectifs : 19 religieux en 1721, 15 en 1750 et 16 en 1771. Recrutés essentiellement en Haute-Alsace parmi la bourgeoisie pour les pères et les classes modestes pour les frères lais, les novices effectuent une solide formation de base. La plupart des futurs pères iront même au noviciat de Paris, à partir de 1761. Ils pouvaient ainsi perfectionner leur apprentissage de la langue française.
Ne vivant pas cloîtrés dans leur couvent, les dominicains en sortent volontiers pour prêcher dans les paroisses et les lieux de pèlerinage ou pour quêter au profit de leur communauté. Ils continuent à animer les confréries du Rosaire qu'ils fondent dans de nombreuses localités, à la demande du clergé paroissial. Le couvent de Guebwiller introduit cette confrérie dans 19 localités de Haute-Alsace au XVIIIe siècle. En cela, il est certainement le plus dynamique des couvents alsaciens. De ces confréries il reste nombre d'autels baroques du Rosaire, où est représentée la Vierge Marie confiant le rosaire à saint Dominique à et sainte Catherine de Sienne. Les pères de Guebwiller assurent également l'aumônerie des couvents de dominicaines de la région : Vieux-Thann et Schonensteinbach.
A la veille de la Révolution, les dominicains de Guebwiller sont encore au nombre de 15 : 11 pères et quatre frères lais. Le plus âgé, le père Dominique, a 61 ans et le plus jeune, le frère François, entré au couvent en 1786, en a 25. La communauté reste bien vivante, avec une majorité de religieux relativement jeunes, ce qui traduit un renouvellement constant des effectifs, contrairement aux ordres contemplatifs, en pleine décadence à cette époque.
Les troubles de juillet 1789, consécutifs à l'annonce de la prise de la Bastille, ne touchent pas les Dominicains. Les paysans révoltés pillent le château du prince-abbé de Murbach à Guebwiller, mais ne touchent pas aux couvents, signe de leur popularité auprès des gens des environs.
Mais les grandes réformes religieuses de l'Assemblée constituante vont sonner le glas des Dominicains d'Alsace. Le 2 novembre 1789, les propriétés ecclésiastiques deviennent biens nationaux. Le 13 février 1790, les ordres religieux sont supprimés et les hommes qui choisissent de servir l'Église et la Nation doivent prêter serment à la Constitution civile du Clergé le 12 juillet 1790.
Les quinze religieux en place à Guebwiller cette année-là opposent de fait une longue résistance passive. Ils sont contraints de confirmer à chaque passage d'agents municipaux l'inventaire de leurs biens, en vue de leur liquidation. Mais, au moment de décider de leur avenir, c'est-à-dire leur maintien dans un couvent ou leur retour à la vie séculière, les dominicains bénéficient de délais de réflexion dont ils profitent jusqu'au bout. Interrogés individuellement, ils choisissent tous, le jour de la date butoir du 19 juillet 1791, de rester dans l'ordre, invoquant pour certains leur âge avancé ou leurs infirmités, voire les deux à la fois. Le 27 août suivant, il est donc décidé que les dominicains guebwillerois se rendront au couvent des Capucins de Belfort. En fait, la plupart regagneront leurs familles et les pères qui survivront aux épreuves de la Révolution termineront leur existence dans le clergé paroissial.