DE 1525 A 1648 : LES MALHEURS DES GUERRES
Après un Moyen Age globalement prospère, malgré les crises cycliques et les épidémies, l'avènement des Temps modernes est marqué en Alsace par la grave crise sociale de la Guerre des Paysans. En mai 1525, en plein débat religieux sur la place et le rôle de l'Église, éclate un soulèvement des paysans mécontents du réajustement des droits féodaux. Les contestataires, encadrés par les notables des villages, réclament une réforme profonde de la vie religieuse et une meilleure justice fiscale. Ils s'attaquent aux couvents qui symbolisent à leurs yeux les privilèges jugés révolus d'une Église qu'ils estiment trop riche pour être évangélique.
Le 8 mai 1525, la bande des révoltés du Sundgau se présente devant les portes de Guebwiller. Ils avaient déjà ravagé le couvent des dominicaines de Schonensteinbach (Wittenheim). Les vignerons de la ville les laissent entrer, avec l'aide des paysans du haut de la vallée. Alors débute le pillage systématique des couvents des Dominicains et des Dominicaines. La Chronique déplore que les révoltés "se ruèrent comme des voleurs ou des brigands enragés dans le couvent des prêcheurs, forçant armoires et bahuts, faisant main basse sur les draps, les aubes, la vaisselle d'étain, le cuivre et les ferrures. Tout ce qu'ils purent trouver fut volé, emporté, puis vendu pour se faire de l'argent. Oui, même la sacristie et l'église ne furent pas épargnées ; ils s'emparaient de tout ce qu'ils trouvaient ; quant aux boiseries, ils les fracassèrent et les mirent en morceaux". Le chroniqueur souligne que les plus acharnés sont les habitants de la ville voisine de Soultz et il précise que "même les Turcs sauvages et barbares ne se seraient pas conduits comme ceux de Soultz"!
Le couvent des dominicaines connaît le même sort. Religieux et religieuses doivent s'enfuir sous des habits laïcs et les offices ne sont plus célébrés pendant de longues semaines. Ils revinrent après la défaite de la bande du Sundgau en septembre 1525. Les dégâts sont alors réparés et la vie conventuelle reprit son cours normal. Le XVIe siècle connut ensuite une réelle prospérité, dans une vallée que ne toucha pas la Réforme protestante. En effet, les abbés de Murbach, en fidèles soutiens des empereurs Habsbourg, se révèlent d'actifs artisans de la Contre-Réforme catholique.
Les frères prêcheurs avaient, dès le Moyen Age, suscité la création de confréries de prières qui servaient à démultiplier leur apostolat, comme celles de la Vierge, du Rosaire ou de Saint-Sébastien. Très actives, elles recrutent parmi les habitants de Guebwiller et jouent un rôle de "mutuelles" spirituelles. D'après certains registres anciens conservés, la plupart des bourgeois de Guebwiller en faisaient partie au XVIe siècle. On peut donc ainsi mesurer l'influence des dominicains dans la ville. Les religieux, grâce à leur pastorale dynamique, contribuent ainsi à enrayer l'influence de la Réforme.
Le temps des malheurs revient avec la guerre de Trente ans, dans les années 1630. A cette époque, la Haute-Alsace devient un des théâtres des opérations entre troupes impériales et forces protestantes, ces dernières soutenues par le roi de France. En 1633, des troupes suédoises occupent Guebwiller et les religieux s'enfuient. Le frère Wernet, resté seul dans e couvent, ne peut s'opposer au pillage des objets de culte. La Chronique précise : "Les Suédois [.] ne s'en sont pas tenus là, mais ils ont fouillé tous les coins et recoins et sont allés jusqu'à torturer le susnommé frère [Wernet], afin qu'il révèle les cachettes de l'argent et d'autres choses. Comme il n'avait rien à divulguer, ils l'ont battu à mort, à côté du poêle, dans l'ancien réfectoire, où se trouve actuellement la menuiserie. Que Dieu fasse grâce à son âme". En 1635, le couvent est à nouveau pillé, cette fois par des troupes impériales, et un des pères, revenu à Guebwiller, est grièvement blessé.
En 1637, le couvent des Dominicaines d'Engelpforten est incendié par des soldats franco-suédois. Il faudra attendre l'automne 1641 pour qu'un père revienne s'installer dans le couvent. Jusqu'en 1648, seuls l'occuperont deux pères et un frère lai, faisant face tant bien que mal aux réquisitions des militaires occupant alors la région.