Au XIIIème siècle, Guebwiller est une jeune ville, en pleine évolution, sur un site déjà occupé depuis l'époque carolingienne. Dans le premier tiers du XIIIe siècle, l'abbé de Murbach ( attribué à Hugues de Rothenbourg ou à son successeur l'Abbé Thiébaud ), seigneur du lieu, y fait construire deux châteaux forts, marquant ainsi sa tutelle sur la ville. L'un s'élève près de l'église Saint-Léger ; on le connaît aujourd'hui sous le nom de Burgstall. L'autre barre la vallée de la Lauch en amont de Guebwiller : le Hugstein, dont le nom est lié à celui de l'abbé Hugo, dit de Rothenburg.
Si l'on en croit la Chronique des Dominicains, rédigée vers 1720 à Guebwiller par le frère Séraphin Dietler, c'est en 1270 que Guebwiller commence à être fortifiée par des remparts qui dessinent un quadrilatère d'environ 1 100 m. sur 300, soit une surface de 38 hectares.
Contrairement à tant d'autres établissements religieux, le couvent des Dominicains de Guebwiller possède une origine historique et non légendaire. En effet, à défaut des documents originaux, on a la chance de posséder des copies qui, selon les spécialistes, présentent toutes les garanties d'authenticité. La Chronique des Dominicains de Guebwiller rapporte les faits suivants pour le 14 avril de l'année 1294 :
« Le mercredi suivant le saint dimanche des Rameaux, le révérend seigneur Berthold, un comte de la lignée des Falkenstein, abbé et supérieur du chapitre de Murbach, de l'ordre de saint Benoît, ainsi que l'honorable Conseil au complet et la communauté de Guebwiller accueillirent et admirent en ville les pères dominicains. Comme ils n'avaient pas encore d'endroit pour construire un couvent et une église, on leur céda le Zollhaus (maison dite « des douanes ») et ses dépendances, situées près du mur d'enceinte. Pour ce terrain les pères payèrent à l'abbé 320 marcs et trois livres pfennig, selon un document de nos archives et également la lettre originale, authentifiée par le sceau de l'abbé et du chapitre de Murbach. »
Comme on le voit, c'est le seigneur de la ville, l'abbé de Murbach, qui admet en ville la nouvelle communauté religieuse. C'est là un des signes évidents de la tutelle féodale que maintiendra l'abbaye de Murbach sur la ville de Guebwiller durant tout l'Ancien Régime. Cet acte de 1294 expose les motivations du fondateur du couvent. L'abbé Berthold est » désireux de faire croître l'affection pour le culte du nom divin dans notre ville de Guebwiller et de le répandre par des proclamations et des leçons salutaires, afin que se développe le peuple en servant Dieu maintenant et dans les temps à venir ». En conséquence de quoi, il a « invité et appelé dans ladite ville de Guebwiller nos frères bien aimés en Dieu, de l'ordre des Prêcheurs, dont la vie et le discours apportent l'exemple de la pureté et qui associent solidement par des paroles savantes la doctrine et le salut. » L'abbé de Murbach garantit à la nouvelle communauté l'exemption fiscale pour les domaines qu'elle pourrait acquérir dans et autour de Guebwiller. Ce faisant, le seigneur ne prenait au départ aucun risque de voir ses recettes diminuer de façon alarmante, les frères prêcheurs vivant au départ de la charité publique (on parle à leur sujet d'ordre mendiant). Mais les choses évolueront assez vite, les Dominicains devenant au fil des années des propriétaires fonciers importants. En outre, l'abbé s'engage à respecter le patrimoine du couvent, ce qui sera le cas jusqu'en 1790.
Ainsi put s'installer officiellement le couvent des Dominicains. Il est probable que leur arrivée à Guebwiller ait précédé de quelques années cet acte officiel. En effet, un document de 1288 parle des Predier zu Gebwilr. Il semble que ce décalage ne soit pas exceptionnel dans de nombreuses villes où s'implantèrent les dominicains. À Guebwiller, ils bénéficiaient d'un bâtiment déjà en place, avant d'édifier l'ensemble conventuel que l'on peut encore admirer. Durant près de cinq siècles, ils devaient jouer un rôle actif dans la cité. À plusieurs reprises, leur couvent servit à des activités officielles, l'abbé de Murbach y présidant des assemblées importantes.
Plusieurs familles nobles relevant de l'abbaye de Murbach contribuent à financer l'installation des Dominicains à Guebwiller. Parmi celles-ci, les Waldner de Freundstein sont certainement les plus généreux des donateurs, notamment Henri Kraft et son épouse Anne de Hungerstein. On peut encore voir, du côté nord de la nef de l'église l'enfeu (en savoir plus) qui abrita leur tombeau, avec une inscription refaite vers 1929.
Malheureusement, le gisant, encore visible en 1788, a disparu, comme tous les autres de la même famille et ceux des autres bienfaiteurs. Encore un effet du vandalisme révolutionnaire.
Il ne faudrait pas oublier que, presque simultanément, Guebwiller accueille aussi des dominicaines. En 1299 est officialisée la fondation du couvent Saint-Michel, dit d'Engelpforten (Porte de l'Ange). Bénéficiaire de la générosité des familles nobles de la région, il devait connaître de gros problèmes de recrutement au XVe siècle, au point de disparaître temporairement en 1445.